PLUMED es un plugin que se puede incorporar en los códigos de dinámica molecular más usados. Permite ejecutar varios algoritmos que aumentan la eficacia del muestreo en dinámica molecular, tales como metadinámica, restricciones armónicas y/o lineales. Adicionalmente también implementa métodos para el calculo de energías libres así como herramientas para analizar los datos producidos durante las simulaciones de dinámica molecular
Mas información en www.plumed.org
PLUMED puede usarse en Drago ya que es software abierto con licencia LGPL
module load GCC/11.2.0
module load OpenMPI/4.1.1
module load PLUMED/2.8.0
module load foss/2021b
module load GROMACS/2021.5-PLUMED
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=generic
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=2000M
#SBATCH --time=48:00:00
#SBATCH --job-name=plumed
module purge
module load GCC/11.2.0
module load OpenMPI/4.1.1
module load PLUMED/2.8.0
plumed driver --plumed plumed.dat --mf_xtc traj-broken.xtc
#!/bin/bash
# Metadynamics from a toy system. https://www.plumed.org/doc-v2.3/user-doc/html/munster.html
#SBATCH --partition=generic
#SBATCH --cpus-per-task=8
#SBATCH --mem=2000M
#SBATCH --time=48:00:00
#SBATCH --job-name=plumed
module purge
module load foss/2021b
module load GROMACS/2021.5-PLUMED
gmx grompp -f gromppvac.mdp -p topolvac.top -c confAvac.gro --maxwarn 2
gmx mdrun -s topol.tpr --plumed plumed.dat -nsteps 50000