GROMACS es un paquete versátil para realizar dinámica molecular, es decir, simular las ecuaciones de movimiento newtonianas para sistemas con cientos a millones de partículas, y es un proyecto impulsado por la comunidad.
Drago: foss/2021b, gromacs/2021.2, gromacs/2021.5
Rama: 0.2
Tipo de software: foss
Categoría: bio
GROMACS es Software Libre, disponible bajo la Licencia Pública General Reducida de GNU (LGPL), versión 2.1. Puede redistribuirlo y/o modificarlo bajo los términos de la LGPL publicada por la Free Software Foundation; ya sea la versión 2.1 de la Licencia, o (a su elección) cualquier versión posterior.
module load foss/2021b
module load GROMACS/2021.5
module load fosscuda/2020b
module load GROMACS/2021.2
Ejemplo de ejecucion de una dinamica molecular NVT de un polimero aPS solvatado en ciclohexano.
Este ejemplo no corre en GPU solo en nodos de computo, para ejecutar en GPU ver el siguiente enlace
Es necesario previamente descagarse los ficheros abajo disponibles y crear el siguiente script con el nombre testscript.sh. Tanto el script como los ficheros deben estar en el mismo directorio.
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=generic
#SBATCH --cpus-per-task=24
#SBATCH --job-name=TestCPUGROMACS
# Load modules for GROMACS
module purge
module load foss/2021b
module load GROMACS/2021.5
# RUN GROMACS on CPU with 24 processors
gmx grompp -f nvt.mdp -p topol.top -c init.gro -r init.gro -o new_topo.tpr -maxwarn 10 >& out_grompp.dat
export OMP_NUM_THREADS=24
gmx mdrun -nt 24 -s new_topo.tpr -noappend -v >& out_md.dat
Finalmente, para ejecutar el trabajo se introduce:
sbatch testscript.sh
Ficheros necesarios:
forcefield.itp
cyhe.itp
nvt.mdp
init.gro
topol.top
s1p1.itp