Basic Local Alignment Search Tool (Altschul et al., 1990 y 1997) es un algoritmo de comparación de secuencias optimizado para la velocidad que se utiliza para buscar en bases de datos de secuencias alineaciones locales óptimas con respecto a una consulta. La búsqueda inicial se realiza en busca de una palabra de longitud "W" que obtenga al menos una puntuación "T" al compararla con la consulta mediante una matriz de sustitución. A continuación, las palabras encontradas se amplían en ambas direcciones para intentar generar un alineamiento con una puntuación superior al umbral "S". El parámetro "T" determina la velocidad y la sensibilidad de la búsqueda.
BLAST usa un algoritmo heurístico por lo que no nos puede garantizar que ha encontrado la solución correcta. Sin embargo, BLAST es capaz de calcular la significación de sus resultados, por lo que nos provee de un parámetro para juzgar los resultados que se obtienen.
BLAST tiene licencia de dominio publico
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