Amber es un conjunto de programas para la simulación molecular de biomoléculas. Amber es también el campo de fuerzas que se utiliza para estas simulaciones.
El programa se distribuye en dos partes: Amber y AmberTools. AmberTools consiste en una serie de paquetes que se pueden utilizar independientemente de Amber, pero no al revés.
Incluye programas para la preparación de estructuras, tales como LEaP, programas de cálculo de energías, tales como sander,pmemd y programas de análisis, como ptraj.
Para más información haz clic aquí
Amber está licenciado como CAMPUS.
Los programas más usados de AMBER son:
sander es el programa básico para minimizar la energía y para realizar dinámica molecular. A parte de esto, también realiza otro tipo de simulaciones que pueden ser consultadas en el manual. Los ejecutables sander y sander.MPi se refieren a la version en serie y paralela, respectivamente.
pmemd es una version mejorada de sander que es más rápida y con mejor paralelización. En el cluster están instaladas las versiones en serie (pmemd), paralelizada con MPI (pmemd.MPI) y para cálculo en tarjetas gráficas (pmemd.cuda).
Para otras opciones y programas de AMBER, tales como herramientas de análisis, consultar el manual de AMBER
module load foss/2020a
source /dragofs/sw/foss/0.2/software/Amber/Amber20/amber22/amber.sh
module load fosscuda/2020a
source /dragofs/sw/foss/0.2/software/Amber/Amber20/amber22/amber.sh
#SBATCH --gres=gpu:1
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=<generic para 1Nodo, special para mas de 1 Nodo o gpu para Nodos con gpu>
#SBATCH --nodes=<Número de Nodos>
#SBATCH --exclude=""
#SBATCH --tasks-per-node=<Número de procesadores a usar en el nodo, por ejemplo 16>
#SBATCH --gres=gpu:<Número de gpus>
#SBATCH --mem=<Memoria total necesaria para la ejecución del trabajo>
#SBATCH --job-name=<Nombre del trabajo>
WD=`pwd`
# ============== LOAD MODULES ================
# si no se necesita su ejecución en gpu:
module load foss/2020a
# si se ejecuta en gpu
module load fosscuda/2020a
source /dragofs/sw/foss/0.2/software/Amber/Amber20/amber22/amber.sh
# ================ INPUT FILES FOR AMBER ==================
INP="../00-INPUTS/PME/Cellulose_production_NVE_4fs/mdin.CPU"
PRMTOP="../00-INPUTS/PME/Topologies/Cellulose.prmtop"
INPCRD="../00-INPUTS/PME/Coordinates/Cellulose.inpcrd"
mpirun -n 48 pmemd.MPI -O -i ${INP} -o mdout -p ${PRMTOP} -c ${INPCRD}
# ============================ GPU A100 =============================
mpirun -n 48 [pmemd.cuda|pmemd.cuda.MPI] -O -i ${INP} -o mdout -p ${PRMTOP} -c ${INPCRD}
Puede descargar scripts desde el servicio Git del CSIC: