La Suite Schrödinger está considerada como líder en el desarrollo de software de simulación química para uso en investigación farmacéutica y de biotecnología. El rango de productos cubre desde programas generales de modelización molecular, una serie integrada de software para diseño de fármacos, módulos para Docking y técnicas QSAR.
Dentro de esta Suite, se dispone de los programas: Canvas, CombiGlide, ConfGen, Core Hopping, Desmond, Epik, Glide, Impact, Jaguar, Knime Extensions, Liaison, LigPrep, MacroModel, Maestro, Materials Science Suite, MINTA, pka Predictor, Phase, Prime, Prime X, QikProp, QSite, SiteMap y Strike.
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Software licenciado, tipo en red con licencias concurrentes.
module load foss/2021b
module load Schrodinger/2022-4
Para lanzar trabajos con el módulo Jaguar, después de cargar los módulos foss y Schrodinger se lanza el siguiente comando en la cola express desde la línea de comandos:
$SCHRODINGER/jaguar run inputfile.in -PARALLEL 12 -HOST express_cpu
Este comando se ejecuta directamenete desde nodo de login, y hace que el trabajo entre al sistema de colas. No se debe lanzar con el comando sbatch o desde una script.
PARALLEL es el numero de cores, puede ser cambiado
No se lanza con el comando sbatch o la script sbatch.
Si se elija otra cola como generic o special se debe contactar al soporte de Drago para avisar.
Los trabajos con el modulo Desmond (con GPU exclusivamente) se lanzan como el siguiente ejemplo:
"${SCHRODINGER}/utilities/multisim" -JOBNAME desmond_example_job -HOST express_gpu -maxjob 1 -cpu 1 -m desmond_md_job_1.msj -c desmond_md_job_1.cfg desmond_md_job_1.cms -mode umbrella -o desmond_md_job_1-out.cms
Este comando se ejecuta directamenete desde nodo de login, y hace que el trabajo entre al sistema de colas. No se debe lanzar con el comando sbatch o desde una script.